לפני שהמכונות נכנסות לפעולה, משטר בדיקה קפדני אינו דבר שניתן להתפשר עליו. הטכנאים מתחילים בביצוע סריקה ויזואלית של החלק החיצוני של הציוד. כל סימן לסדקים או עיוותים במיכל בעל הקונוס הכפול מסומן מיד, בעוד שחלקי חיבור רופפים מהודקים כדי למנוע דליפות חומר אפשריות ולהגן מפני תקלות בציוד. מערכת הוואקום עוברת בדיקה יסודית, כאשר מפלס השמן של משאבת הוואקום מאומת בקפידה כנמצא בטווח האופטימלי והצינורות נבדקים לאיתור נזקים או חסימות. באופן דומה, מערכת החימום נבדקת לאיתור דליפות בצינורות שמן או קיטור המוליך חום, ואמינות התקן בקרת הטמפרטורה מאושרת. לבסוף, מערכת הבקרה החשמלית נבדקת כדי להבטיח חיבורי חיווט מאובטחים וקריאות מדויקות של המכשיר.

לאחר שניתן אישור לייבוש לאחר הבדיקה, הגיע הזמן להתחיל בתהליך הייבוש. החומר המיועד לייבוש מוכנס בעדינות לתוך מיכל הקונוס הכפול דרך פתח הכניסה, תוך הקפדה על שמירה על נפח שאינו עולה על 60% - 70% מקיבולת המיכל. זה מבטיח שהחומר יוכל להתגלגל בחופשיות ולהשיג תוצאות ייבוש אופטימליות. לאחר אטימה אטומה על פתח הכניסה, המנוע הסיבובי מופעל, ומהירות סיבוב, שבדרך כלל נעה בין 5 ל-20 סיבובים לדקה ומותאמת אישית בהתאם לתכונות הייחודיות של החומר, נקבעת כדי להניע את החומר.

מערכת הוואקום נכנסת להילוך, ומפנה בהדרגה את התא עד להגעה ושמירה על רמת הוואקום הרצויה, בדרך כלל בין 0.08MPa ל-0.1MPa. במקביל, מערכת החימום מופעלת, ונקבעת טמפרטורה, המכוילת בקפידה על סמך רגישות החום של החומר ונמצאת בדרך כלל בטווח של 30°C - 80°C. לאורך כל פעולת הייבוש, המפעילים שומרים על עין ערה על הציוד, עוקבים אחר פרמטרים מרכזיים כמו דרגת הוואקום, טמפרטורה ומהירות סיבוב. רישומים קבועים של מדדים אלה מתבצעים, ומספקים נתונים חשובים להערכת יעילות הייבוש וביצועי הציוד.

כאשר החומר מגיע ליובש הרצוי, מערכת החימום מכובה. סבלנות היא המפתח כאשר המפעילים ממתינים שטמפרטורת המיכל תתקרר לסף בטוח, בדרך כלל מתחת ל-50 מעלות צלזיוס, לפני כיבוי מערכת הוואקום. לאחר מכן, שסתום ניתוק האוויר נפתח באיטיות כדי להשוות את הלחץ הפנימי לאטמוספירה. לבסוף, פתח הפריקה נפתח, והמנוע הסיבובי חוזר לחיים, מה שמקל על פריקה חלקה של החומר היבש. לאחר הפריקה, ניקוי יסודי של הציוד מסיר שאריות שנותרו, ומבטיח שהוא מוכן ומזומן למשימת הייבוש הבאה שלו.